Excavata

Classification WoRMS
Règne	Protozoa
Sous-règne	Eozoa

Les Excavata (Excavés, ce qui signifie creusés) ou Excavobionta sont un infra-règne d'eucaryotes unicellulaires hétérotrophes et généralement flagellés. Le type ancestral se caractérise par la présence d'une zone creusée, le cytostome, permettant l'ingestion de fines particules alimentaires. De nombreux excavates sont anaérobies ou microaérophile et contiennent des organites particuliers et spécialisés : les mitosomes et les hydrogénosomes, ex. : Diplomonade

De nombreux Excavobiontes sont des parasites de l'homme ou d'autres animaux. ex. : Trypanosomes, Giardia

Certains possèdent des plastes (endosymbionte secondaire) et sont photosynthétiques : Euglénoides

Les excavés étaient inclus autrefois dans le règne aujourd'hui obsolète des Protista^[1].

Ils sont classifiés selon leurs structures flagellaires^[2] et ils sont considérés comme la lignèe la plus basale des flagellés^[3].

Les excavés du sous-règne des Discoba (Jakobea, Tsukubea, Euglenozoa et Percolozoa) semblent être des eucaryotes de type basal, tandis que les Neolouka (genre Malawimonas) et les Metamonada semblent maintenant être des clades frères des Podiata.

Les Discoba pourraient être hautement paraphylétiques^[4].

Les Euglenobionta et les Metamonada forment deux groupes monophylétiques.

En 2015, Romain Derelle et al. écrivaient sur deux grands groupes d'eucaryotes : les Opimoda et les Diphoda^[5]. Le premier groupe contient les Amorphea, CRuMs et Ancyromonadida^[5], le deuxième les Diaphoretickes et les Discoba^[5].

Classification

Article détaillé : Excavata (classification phylogénétique).

En 2003 Alastair Simpson écrivait « Pour l'instant, il n'existe pas de système de taxonomie phylogénétique de haut niveau pour décrire les relations fortement étayées entre les « excavata »^[2] ». La classification ci-dessous, étant sujette à modification, n'est dont donnée qu'à titre indicatif :

Sous-règne 1

Embranchement des Neolouka

Classe des Malawimonadidea (genre Malawimonas)

Embranchement des Metamonada

Super-classe des Anaeromonada (en) ou Preaxostyla (en)

Super-classe des Trichozoa (en)

Classe des Fornicata (en)

Classe des Parabasalia

Classe des Malawimonas

Classe des Preaxostyla (en)

Classe des Jakobida

Classe des Heterolobosea

Sous-règne des Discoba

Embranchement des Jakobea (proches des Tsukubea)

Super-embranchement des Discicristata

Embranchement des Euglenozoa ou Euglenobionta

Embranchement des Percolozoa

Références

↑ (en) T Cavalier-Smith, « The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 52, n^o 2,‎ 2002, p. 297–354 (PMID 11931142, DOI 10.1099/00207713-52-2-297, lire en ligne)
↑ ^{a et b} (en) AG Simpson, « Cytoskeletal organization, phylogenetic affinities and systematics in the contentious taxon Excavata (Eukaryota) », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 53, n^o Pt 6,‎ 2003, p. 1759–1777 (PMID 14657103, DOI 10.1099/ijs.0.02578-0)
↑ (en) Scott C Dawson et Alexander R Paredez, « Alternative cytoskeletal landscapes: cytoskeletal novelty and evolution in basal excavate protists », Current Opinion in Cell Biology, vol. 25, n^o 1,‎ 2013, p. 134–141 (PMID 23312067, PMCID 4927265, DOI 10.1016/j.ceb.2012.11.005)
↑ (en) Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao et Rhodri Lewis, « 187-gene phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 99,‎ 1^er juin 2016, p. 275–296 (PMID 27001604, DOI 10.1016/j.ympev.2016.03.023, lire en ligne)
↑ ^{a b et c} Derelle R, Torruella G, Klimeš V, Brinkmann H, Kim E, Vlček Č, Lang BF, Eliáš M, « Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root », Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 112, n^o 7,‎ 17 février 2015, E693–E699 (PMID 25646484, PMCID 4343179, DOI 10.1073/pnas.1420657112)

Liens externes

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Excavata, sur Wikispecies

(en) Référence Paleobiology Database : Excavata (consulté le 11 janvier 2018)
(en) Référence WoRMS : Excavata Cavalier-Smith (+ liste embranchements + liste classes) (consulté le 11 janvier 2018)
Tree of Life: Eukaryotes
Vladimir Hampl et al., 2009, Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”

Portail de la microbiologie

[pmid11931142-1] (en) T Cavalier-Smith, « The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 52, n^o 2,‎ 2002, p. 297–354 (PMID 11931142, DOI 10.1099/00207713-52-2-297, lire en ligne)

[Simpson2003-2] {a et b} (en) AG Simpson, « Cytoskeletal organization, phylogenetic affinities and systematics in the contentious taxon Excavata (Eukaryota) », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 53, n^o Pt 6,‎ 2003, p. 1759–1777 (PMID 14657103, DOI 10.1099/ijs.0.02578-0)

[Dawson2013-3] (en) Scott C Dawson et Alexander R Paredez, « Alternative cytoskeletal landscapes: cytoskeletal novelty and evolution in basal excavate protists », Current Opinion in Cell Biology, vol. 25, n^o 1,‎ 2013, p. 134–141 (PMID 23312067, PMCID 4927265, DOI 10.1016/j.ceb.2012.11.005)

[Cavalier-Smith_275–296-4] (en) Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao et Rhodri Lewis, « 187-gene phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution », Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 99,‎ 1^er juin 2016, p. 275–296 (PMID 27001604, DOI 10.1016/j.ympev.2016.03.023, lire en ligne)

[Derelle_2015-5] {a b et c} Derelle R, Torruella G, Klimeš V, Brinkmann H, Kim E, Vlček Č, Lang BF, Eliáš M, « Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root », Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 112, n^o 7,‎ 17 février 2015, E693–E699 (PMID 25646484, PMCID 4343179, DOI 10.1073/pnas.1420657112)

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